Module Documentation

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    • alignments annotate
    • alignments deduplicate
    • alignments filter
    • fastq deduplicate
    • fastq digest
    • fastq split
    • genome digest
    • reporters count
    • reporters differential
    • reporters heatmap
    • reporters pileup
    • reporters store
    • tsv aggregate
  • Pipeline
  • CCanalyser tools
    • ccanalyser.tools.annotate module
    • ccanalyser.tools.deduplicate module
    • ccanalyser.tools.digest module
    • ccanalyser.tools.filter module
    • ccanalyser.tools.io module
    • ccanalyser.tools.pileup module
    • ccanalyser.tools.plotting module
    • ccanalyser.tools.statistics module
    • ccanalyser.tools.storage module
  • Utilities