CCanalyser Modules

• CCanalyser CLI Modules
  • alignments annotate
  • alignments deduplicate
  • alignments filter
  • fastq deduplicate
  • fastq digest
  • fastq split
  • genome digest
  • reporters count
  • reporters differential
  • reporters heatmap
  • reporters pileup
  • reporters store
  • tsv aggregate
• Pipeline
• CCanalyser tools
  • ccanalyser.tools.annotate module
  • ccanalyser.tools.deduplicate module
  • ccanalyser.tools.digest module
  • ccanalyser.tools.filter module
  • ccanalyser.tools.io module
  • ccanalyser.tools.pileup module
  • ccanalyser.tools.plotting module
  • ccanalyser.tools.statistics module
  • ccanalyser.tools.storage module
• Utilities